フリーメールが不利な場合
フリーメールのアドレスでは十分な本人確認ができないため、インターネットオークションなどへの出品はできません。 サイトによってはオークションの入札すらできないこともあります。
大手企業のホームページで開設されている掲示板にて、メールアドレスによる認証を取り入れている場合、フリーメールを用いての書き込みもできません。
送信先のPCにある電子メールクライアント（メールソフト）の設定によっては、フリーメールによるメッセージの受信を拒否され、削除される可能性が高いです。
サーバがダウンするか、アクセスの殺到によりメールが全て消えたり、受信が遅延するなどの障害が発生しても、提供者は一切の責任を負わないことになっています。
そして多くのフリーメールサービスは、送信するメールの末端に企業の広告が自動挿入されます。但し、有料サービスに加入すると、広告が消去されます。